Robetta 蛋白质结构预测

描述

Robetta 是由 Baker Lab 开发的先进蛋白质结构预测服务，通过 CAMEO 进行持续改进和评估。Robetta 的核心采用了 RoseTTAFold 深度学习方法，该方法以其在预测蛋白质三维结构方面的速度和准确性而闻名。这项先进技术使研究人员能够深入了解蛋白质的功能和设计。

该服务提供了一个交互式提交界面，使用户能够对预测过程进行显著控制。这包括输入用于同源建模的自定义序列比对、指定用于指导预测的约束以及整合局部片段的能力。这些功能对于根据特定实验条件或已知结构元素定制预测至关重要。

Robetta 能够对复杂的多链蛋白质组装体进行建模。对于这些复杂的结构，用户可以通过提供配对的多序列比对 (MSA) 来使用 RoseTTAFold，或者选择比较建模 (CM)。CM 方法利用 PDB100 模板数据库和基于共演化的模型数据库 (MDB)，用户还可以选择提供自己的自定义模板。这种灵活性确保 Robetta 能够应对各种建模挑战。

此外，Robetta 还提供了大规模采样功能，能够更全面地探索构象空间。Robetta 的计算资源由 Baker Lab 和分布式计算项目 Rosetta@home 提供。用户可以通过加入 Rosetta@home 来为该服务的可持续性和发展做出贡献，进一步增强其能力和覆盖范围。

该平台会定期更新，PDB 模板最后更新于 2024 年 6 月 14 日。当前统计数据显示活动水平很高，有 483 个作业排队，689 个活动作业，来自 233 个国家的总用户数为 76,669。该服务受到了广泛关注，上周新增了 78 名用户和 79 个新作业，但同期没有生成新的最终模型。Robetta 是结构生物学家、生物化学家以及相关领域研究人员理解蛋白质结构和功能的强大工具。

Robetta 蛋白质结构预测亮点

• 基于深度学习的蛋白质结构预测

• RoseTTAFold 方法，兼顾速度和准确性

• 交互式提交界面

• 用于同源建模的自定义序列比对

• 支持约束和局部片段

• 多链复合物建模

• 比较建模 (CM) 选项

• 利用 PDB100 模板数据库

• 基于共演化的模型数据库 (MDB)

• 自定义模板选项

• 大规模采样能力

• 通过 Rosetta@home 进行分布式计算

Robetta 蛋白质结构预测入门

1. 1

   访问服务：导航至 Robetta 网站。

2. 2

   准备输入：收集蛋白质序列以及任何所需的自定义比对或模板。

3. 3

   提交作业：使用交互式界面配置并提交您的预测作业。

4. 4

   监控进度：跟踪您的排队和活动作业的状态。

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   检索结果：下载并分析预测的蛋白质结构。

Robetta 蛋白质结构预测的使用案例

• 蛋白质结构预测
• 同源建模
• 复合物组装建模
• 药物发现
• 蛋白质工程
• 生物化学研究

Robetta 蛋白质结构预测的常见问题

• Robetta 是什么？

  Robetta 是一个由 AI 驱动的蛋白质结构预测服务，利用 RoseTTAFold 深度学习方法。

• Robetta 使用什么方法进行预测？

  Robetta 主要使用基于深度学习的 RoseTTAFold 方法，同时也提供比较建模 (CM)。

• Robetta 能否对多链蛋白质复合物进行建模？

  是的，Robetta 可以使用配对 MSA 的 RoseTTAFold 或通过比较建模来对多链复合物进行建模。

• 提交有哪些自定义选项？

  用户可以提供自定义序列比对、约束、局部片段和自定义模板进行建模。

• Robetta 的计算能力是如何支持的？

  计算资源由 Baker Lab 和分布式计算项目 Rosetta@home 提供。

• PDB 模板多久更新一次？

  PDB 模板最后更新于 2024 年 6 月 14 日。

• 我能为 Robetta 做贡献吗？

  是的，您可以通过加入 Rosetta@home 分布式计算项目来帮助该服务。

• 什么是 PDB100 模板数据库？

  PDB100 模板数据库由 Robetta 中的比较建模方法使用。

• 什么是 MDB 数据库？

  MDB 指的是 Robetta 比较建模中使用的基于共演化的模型数据库。

• 大规模采样有什么好处？

  大规模采样可以更全面地探索潜在的蛋白质构象。