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ESMFold2 蛋白质结构预测

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ESMFold2 从氨基酸序列预测高分辨率、全原子 3D 蛋白质结构。它提供对单序列和 MSA 条件模型的开放访问,提高了对挑战性目标的准确性。

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ESMFold2 是一种先进的蛋白质结构预测模型,能够直接从氨基酸序列预测高分辨率、全原子 3D 结构。作为 ESMFold 的继任者,它为单序列结构预测设定了新的技术标准,并通过探索 ESMC 模型的潜在空间,促进新功能蛋白的生成。

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该模型可以利用可选的多序列比对 (MSA) 输入,这显著提高了准确性,尤其是在处理挑战性目标时。ESMFold2 输出全面的结构信息,包括主链和侧链的全原子坐标、置信度指标以及可选的距离图预测,以便对预测结构进行详细分析。这使其成为蛋白质科学领域研究人员和专业人士的宝贵工具。

要开始使用 ESMFold2,用户可以参考 Biohub 平台上提供的快速入门指南和教程。安装过程包括安装 esm Python 包、从 Biohub 账户创建 API 密钥,并连接到 Biohub 平台 API。设置完成后,用户可以运行推理并探索各种用例,例如与 DNA、RNA 和小分子配体结合折叠蛋白,或设计具有高命中率的抗体和小型结合剂。

ESMFold2 在广泛的数据集上进行了训练,包括来自蛋白质数据银行 (PDB) 和 AlphaFold 数据库 (AFDB) 的序列。然而,重要的是要注意,该模型预测单一静态构象,并不适用于建模蛋白质动态或构象灵活性。输出应通过实验进行验证,并且在没有进一步验证的情况下不应用于临床或治疗应用。总体而言,ESMFold2 代表了蛋白质结构预测领域的重要进展,为研究人员提供了强大的工具,以探索蛋白质的结构和功能。

  • 类别科学发现与实验室工具
  • 定价模式免费
  • 部署云端
  • 平台网页版

  • 高分辨率 3D 结构预测

  • 单序列和 MSA 条件模型

  • 全原子坐标输出

  • 包含置信度指标

  • 可用距离图预测

  • 集成的 API 访问

  • 模型的开放访问

  • 在 PDB 和 AFDB 数据集上训练

  1. 安装 esm Python 包:按照快速入门指南中提供的安装说明进行操作。

  2. 创建 API 密钥:从您的 Biohub 账户生成 API 密钥以管理访问。

  3. 连接到 Biohub 平台 API:使用 API 密钥对您的请求进行身份验证。

  4. 运行推理:使用所选模型和您的 API 令牌调用推理客户端。

  • 蛋白质折叠
  • 抗体设计
  • 结构分析
  • 功能性蛋白生成
  • 研究应用

Meta 旗下产品

ESM Metagenomic Atlas 中的模型。

ESMFold2 蛋白质结构预测 评价

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