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RFD4-Proteina

AI モデルAIモデルとLLM無料 · Hugging Face

RFD4-Proteinaは、結合ターゲットや酵素モチーフなどの分子コンテキストに基づいてタンパク質の配列と構造を生成するためのフローマッチングモデルです。NVIDIAとベイカーラボによって開発され、高度なタンパク質設計機能を提供します。

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RFD4-Proteinaは、ワシントン大学のタンパク質設計研究所のNVIDIAとベイカーラボの共同開発による、バイオ分子設計のための高度なフローマッチングモデルです。このモデルは、結合ターゲット、酵素モチーフ、リガンド、または選択された構造的特徴などの特定の分子コンテキストに基づいて、タンパク質の配列と全原子構造を同時に生成することに優れています。タンパク質工学や分子生物学の分野で研究者や科学者にとって特に有用です。

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このモデルは、マッチしたフローモデルとオートエンコーダを使用した共同の配列-構造生成アプローチによって動作します。注釈付きCIF構造またはYAML条件仕様の形式で入力を受け付け、生成された残基のアイデンティティと座標を含むCIF形式で設計された分子構造を出力します。モデルの重みはEMA重みとして保存され、ペアバンドル全体で合計435,622,465のパラメータがFP32形式で利用可能です。

RFD4-Proteinaは、ユーザーがモデルのコード、ドキュメント、およびトレーニングデータにアクセスできるHugging Faceプラットフォームを通じて使用可能です。このモデルはLinux x86_64システムと互換性があり、Python 3.12およびCUDA 13互換のNVIDIA GPUが必要です。BSD 3-Clause Licenseの下でリリースされており、オプションのサードパーティ資産には別の条件があります。

モデルの能力は、タンパク質バインダー、小分子バインダー、原子モチーフ酵素、DNAバインダーの設計における効率を示すさまざまなベンチマークを通じて実証されています。これらのベンチマークは、RFD4-ProteinaがGPU時間あたりの構造的に異なる計算パッサーを生成する際の他の方法に対する優れた性能を強調しています。

RFD4-Proteinaは、計算バイオ分子設計のための貴重なツールであり、研究者に高精度でタンパク質設計を生成および評価する能力を提供します。Hugging Faceのプラットフォームとの統合により、アクセスと使用の容易さが確保され、分野の科学者にとって好ましい選択肢となっています。

  • カテゴリーAIモデルとLLM
  • 料金モデル無料
  • デプロイクラウド
  • プラットフォームHugging Face

  • バイオ分子設計のためのフローマッチングモデル

  • 共同の配列-構造生成

  • 分子コンテキストに基づく

  • CIF形式で出力

  • 435,622,465のパラメータ

  • NVIDIA GPUと互換性

  • BSD 3-Clause License

  • 効率性のベンチマーク

  1. モデルにアクセス: Hugging Faceを訪問

  2. 認証: Hugging Faceにログイン

  3. 環境を設定: 依存関係をインストール

  4. API経由で統合: Proteina.from_pretrainedを使用

  5. 最適化: 特定のタスクに合わせて設定を調整

  • タンパク質設計
  • 酵素モチーフ設計
  • リガンド結合
  • DNA結合
  • 分子コンテキストの保持

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