Описание
DeepTox — это сложный конвейер, разработанный для предсказания токсических эффектов химических соединений с использованием методов глубокого обучения. Он был создан Институтом биоинформатики и участвовал в конкурсе Tox21 Data Challenge, в котором было представлено 12 000 экологически чистых химических веществ и лекарств, измеренных по 12 различным токсическим эффектам. DeepTox использует глубокое обучение, метод, который преобразовал такие области, как обработка изображений и распознавание речи, для улучшения вычислительного предсказания токсичности.
Читать далее
Конвейер начинается с нормализации химических представлений соединений и вычисления множества химических дескрипторов. Эти дескрипторы служат входными данными для методов машинного обучения. Затем DeepTox обучает модели, оценивает их и объединяет лучшие модели в ансамбли для предсказания токсичности новых соединений. В конкурсе Tox21 Data Challenge DeepTox достиг наивысшей производительности среди вычислительных методов, выиграв несколько панелей и подзадач.
DeepTox также преуспел в конкурсе NIEHS-NCATS-UNC DREAM Toxicogenetics Challenge 2013, предсказывая среднюю цитотоксичность 50 соединений. Конвейер включает различные методы машинного обучения, такие как машины опорных векторов, случайные леса и эластичные сети, а также такие характеристики и ядра, как ECFP, DFS и квантово-механические дескрипторы.
DeepTox реализован на графических процессорах NVIDIA, а его программное обеспечение доступно на GitHub. Этот инструмент особенно ценен для исследователей и ученых в области токсикологии, предлагая надежный метод предсказания токсичности, который превосходит традиционные подходы.
- КатегорияНаучные открытия и лабораторные инструменты
- Модель ценообразованияБесплатно
- РазвёртываниеОблако
- ПлатформыGitHub
Основные функции DeepTox: Инструмент предсказания токсичности
Глубокое обучение для предсказания токсичности
Нормализация химических представлений
Вычисление химических дескрипторов
Обучение и оценка моделей
Создание ансамблевых моделей
Предсказание токсичности новых соединений
Использование графических процессоров NVIDIA
Доступность на GitHub
Как использовать DeepTox: Инструмент предсказания токсичности?
Настройка: Установите химические представления
Вычисление: Генерируйте химические дескрипторы
Обучение: Разработайте модели с использованием машинного обучения
Оценка: Оцените производительность модели
Предсказание: Определите токсичность новых соединений
Варианты использования DeepTox: Инструмент предсказания токсичности
- Анализ токсичности химических веществ
- Оценка экологической безопасности
- Разработка лекарств
- Улучшение исследований
- Многоцелевое обучение
