Descrição
DeepTox é um pipeline sofisticado desenvolvido para prever os efeitos tóxicos de compostos químicos utilizando técnicas de aprendizado profundo. Foi criado pelo Instituto de Bioinformática e participou do Desafio de Dados Tox21, que envolveu 12.000 produtos químicos ambientais e medicamentos medidos para 12 diferentes efeitos tóxicos. DeepTox aproveita o aprendizado profundo, um método que transformou campos como processamento de imagem e reconhecimento de fala, para aprimorar a previsão computacional de toxicidade.
Ler mais
O pipeline começa normalizando as representações químicas dos compostos e computando numerosos descritores químicos. Esses descritores servem como entradas para métodos de aprendizado de máquina. DeepTox então treina modelos, os avalia e combina os modelos com melhor desempenho em conjuntos para prever a toxicidade de novos compostos. No Desafio de Dados Tox21, DeepTox alcançou o melhor desempenho entre os métodos computacionais, vencendo vários painéis e subdesafios.
DeepTox também se destacou no Desafio de Toxicogenética DREAM 2013 da NIEHS-NCATS-UNC, prevendo a citotoxicidade média de 50 compostos. O pipeline incorpora vários métodos de aprendizado de máquina, incluindo máquinas de vetor de suporte, florestas aleatórias e redes elásticas, juntamente com características e núcleos como ECFP, DFS e descritores quânticos.
DeepTox é implementado em GPUs NVIDIA, e seu software está disponível no GitHub. A ferramenta é particularmente valiosa para pesquisadores e cientistas na área de toxicologia, oferecendo um método robusto para previsão de toxicidade que supera abordagens tradicionais.
- CategoriaDescoberta científica e ferramentas de laboratório
- Modelo de preçosGrátis
- ImplantaçãoNuvem
- PlataformasGitHub
Recursos principais de DeepTox: Ferramenta de Previsão de Toxicidade
Aprendizado profundo para previsão de toxicidade
Normalização de representações químicas
Cálculo de descritores químicos
Treinamento e avaliação de modelos
Criação de modelos em conjunto
Previsão de toxicidade de novos compostos
Uso de GPUs NVIDIA
Disponibilidade no GitHub
Como usar DeepTox: Ferramenta de Previsão de Toxicidade?
Configurar: Configurar representações químicas
Calcular: Gerar descritores químicos
Treinar: Desenvolver modelos usando aprendizado de máquina
Avaliar: Avaliar o desempenho do modelo
Prever: Determinar a toxicidade de novos compostos
Casos de uso de DeepTox: Ferramenta de Previsão de Toxicidade
- Análise de toxicidade química
- Avaliação de segurança ambiental
- Desenvolvimento de medicamentos
- Aprimoramento da pesquisa
- Aprendizado multitarefa
