Descripción
Docking con un clic — AutoDock Vina en línea proporciona una plataforma fluida para el acoplamiento molecular, eliminando la necesidad de instalación local o configuración de Linux. Los usuarios pueden ingresar un ID de PDB y SMILES para recibir salidas completas que incluyen tablas de afinidad, figuras de interacción en 2D/3D y un PDF listo para tesis.
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El proceso de acoplamiento implica varios pasos: preparación del receptor utilizando Biopython, preparación del ligando con dimorfita-DL y RDKit, y acoplamiento utilizando AutoDock Vina. La plataforma admite acoplamiento con receptor rígido, asegurando que las cadenas laterales de las proteínas permanezcan fijas mientras se permite la flexibilidad del ligando. Los usuarios pueden elegir entre varias fuentes de caja para definir el área de búsqueda, y la plataforma proporciona una vista previa en 3D antes de gastar créditos.
Docking con un clic ofrece un plan gratuito con créditos limitados y varios planes de suscripción de pago, incluidos los planes para estudiantes, investigación y laboratorio, cada uno con diferentes asignaciones de créditos y características. La plataforma también proporciona paquetes de créditos únicos para usuarios que necesitan recursos adicionales sin comprometerse a una suscripción.
Los resultados se entregan en un archivo ZIP completo que contiene todos los datos necesarios para trabajar sin conexión, incluidos los mejores poses, complejos proteína-ligando y diagramas de interacción. La plataforma también ofrece borradores de manuscritos de IA opcionales para ayudar en la generación de discusiones y leyendas de figuras, aunque estos no son sustitutos de la edición experta.
En general, Docking con un clic — AutoDock Vina en línea es una herramienta poderosa para el acoplamiento molecular, proporcionando a los usuarios una plataforma completa y fácil de usar que apoya una amplia gama de necesidades de acoplamiento.
- CategoríaDescubrimiento científico y herramientas de laboratorio
- Modelo de preciosFreemium
- ImplementaciónNube
- PlataformasWeb
Características principales de Docking con un clic
Motor AutoDock Vina
Acoplamiento por lotes
Preparación de PDB
Informes en PDF
Control de calidad PoseBusters
Análisis ADMET
Diagramas de interacción
Cribado virtual
Nivel gratuito disponible
Planes de suscripción
¿Cómo usar Docking con un clic?
Ingresar ID de PDB: Introduzca un ID de PDB de 4 caracteres o cargue un receptor .pdb.
Enviar ligandos: Proporcione SMILES o ligandos SDF para el acoplamiento.
Ejecutar revisión de configuración: Valide la configuración sin gastar créditos.
Ejecutar acoplamiento: Ejecute el proceso de acoplamiento y reciba resultados.
Casos de uso de Docking con un clic
- Investigación Académica
- Descubrimiento de Fármacos
- Análisis de Interacción Molecular
- Preparación de Tesis
- Cribado Virtual
