الوصف
Uni-Mol هو إطار عمل شامل لتعلم تمثيل الجزيئات ثلاثية الأبعاد، مصمم لتعزيز الأداء عبر مجموعة واسعة من التطبيقات النهائية في تصميم الأدوية وعلوم الجزيئات. نموذج Uni-Mol الأساسي هو إطار عمل تدريب مسبق عالمي للجزيئات ثلاثية الأبعاد يوسع بشكل كبير قدرة التمثيل ونطاق التطبيق. يتكون من نموذجي تدريب مسبق: أحدهما تم تدريبه على 209 مليون تشكيل جزيئي ثلاثي الأبعاد والآخر على 3 ملايين بيانات جيب بروتيني مرشح. يمكن استخدام هذه النماذج بشكل مستقل أو مدمج لمهام ارتباط البروتين بالليجند. أظهر Uni-Mol أداءً متفوقًا في 14 من أصل 15 مهمة تنبؤ بالخصائص الجزيئية وحقق دقة استثنائية في المهام المكانية ثلاثية الأبعاد، بما في ذلك التنبؤ بوضع ارتباط البروتين بالليجند وتوليد التشكيل الجزيئي.
قراءة المزيد
يركز Uni-Mol+ على التنبؤ الدقيق للغاية بالخصائص الكيميائية الكمومية. يأخذ رسمًا بيانيًا جزيئيًا ثنائي الأبعاد، ويولد تشكيلًا ثلاثي الأبعاد أوليًا، ويحسنه بشكل متكرر إلى تشكيله المتوازن، ثم يتنبأ بالخصائص الكيميائية الكمومية. أظهر Uni-Mol+ تحسينات كبيرة مقارنة بالطرق السابقة المتطورة على معايير مثل PCQM4MV2 و OC20.
توفر أدوات Uni-Mol أغلفة سهلة الاستخدام للتنبؤ التلقائي بالخصائص والتمثيل والمهام النهائية الأخرى باستخدام Uni-Mol. يمكن تثبيتها عبر pip (`pip install unimol-tools`) وتقدم أدوات للتنبؤ بالخصائص الجزيئية وتوليد التمثيل وتطبيقات أخرى متنوعة.
يعمل Uni-Mol Docking V2 على تحسين التنبؤ بوضع ارتباط البروتين بالليجند، محققًا أداءً رائدًا في الصناعة يضاهي AlphaFold3. يتنبأ بدقة بوضع الارتباط لنسبة عالية من الليجندات، متجاوزًا المشكلات الشائعة مثل انقلابات الكيرالية والتصادمات الفراغية الموجودة في نماذج التعلم الآلي السابقة. تتوفر خدمة لـ Uni-Mol Docking V2.
Uni-Mol2 هو نموذج تدريب مسبق جزيئي مرن وقابل للتطوير، يتميز ببنية محول ثنائية المسار تدمج الميزات الهيكلية الذرية والرسم البياني والهندسية. يوفر نماذج تتراوح من 84 مليون إلى 1.1 مليار معلمة، مما يسمح للمستخدمين باختيار الحجم الأنسب لمهامهم الجزيئية. تم توسيع نطاق Uni-Mol2 إلى 1.1 مليار معلمة، مما يجعله أحد أكبر نماذج التدريب المسبق الجزيئي حتى الآن، وتم تدريبه على 800 مليون تشكيل. يتيح توفره في `unimol_tools` الاستفادة السهلة من قدراته التمثيلية وقدرات الضبط الدقيق.
- الفئةالاكتشاف العلمي وأدوات المختبر
- نموذج التسعيرمفتوح المصدر
- النشرسحابي
- المنصاتالويب
الميزات الأساسية لـ Uni-Mol
إطار عمل عالمي لتعلم تمثيل الجزيئات ثلاثية الأبعاد
نماذج مدربة مسبقًا لبيانات الجزيئات وجيوب البروتينات
أداء عالٍ في مهام التنبؤ بالخصائص الجزيئية
أداء دقيق في المهام المكانية ثلاثية الأبعاد (وضع الارتباط، توليد التشكيل)
التنبؤ بالخصائص الكيميائية الكمومية مع Uni-Mol+
تحسين متكرر للتشكيل ثلاثي الأبعاد للتنبؤ بالخصائص الكيميائية الكمومية
أغلفة سهلة الاستخدام للتنبؤ بالخصائص والتمثيل مع أدوات Uni-Mol
تنبؤ رائد في الصناعة بوضع ارتباط البروتين بالليجند مع Uni-Mol Docking V2
نماذج تدريب مسبق جزيئية قابلة للتطوير (Uni-Mol2) من 84 مليون إلى 1.1 مليار معلمة
بنية محول ثنائية المسار تدمج الميزات الذرية والرسم البياني والهندسية
دعم لمختلف المهام الجزيئية النهائية
تم إصداره مع العديد من الأوراق البحثية والمنشورات
البدء مع Uni-Mol
الوصول إلى النموذج: الحصول على نماذج وأدوات Uni-Mol.
إعداد البيئة: تكوين بيئتك المحلية بالتبعيات اللازمة.
التكامل عبر API: استخدام واجهات برمجة التطبيقات أو الأغلفة المقدمة للوصول البرمجي.
تحميل النماذج المدربة مسبقًا: تحميل نماذج Uni-Mol محددة لمهمتك المختارة.
إعداد بيانات الإدخال: تنسيق بيانات الجزيئات أو البروتين-الليجند وفقًا للمتطلبات.
تشغيل التنبؤات: تنفيذ تنبؤات الخصائص، أو محاكاة الإرساء، أو توليد التمثيل.
تقييم النتائج: تحليل المخرجات وتقييم الأداء لتطبيقك.
حالات استخدام Uni-Mol
- التنبؤ بالخصائص الجزيئية
- التنبؤ بوضع الارتباط
- النمذجة الكيميائية الكمومية
- توليد التشكيل الجزيئي
- تعلم تمثيل الجزيئات
- تصميم الأدوية
- علم المواد
