الوصف
ESMFold2 هو نموذج متقدم لتنبؤ هيكل البروتين يتنبأ بهياكل ثلاثية الأبعاد بدقة عالية، مع جميع الذرات، مباشرة من تسلسلات الأحماض الأمينية. كخلف لـ ESMFold، فإنه يحدد معيارًا جديدًا لتنبؤ هيكل التسلسل الفردي ويمكّن من توليد بروتينات وظيفية جديدة من خلال استكشاف الفضاء الكامن لنموذج ESMC.
قراءة المزيد
يمكن للنموذج استخدام إدخال محاذاة تسلسل متعددة اختيارية (MSA)، مما يعزز الدقة بشكل كبير، خاصة على الأهداف الصعبة. ينتج ESMFold2 معلومات هيكلية شاملة، بما في ذلك إحداثيات جميع الذرات لكل من العمود الفقري والسلاسل الجانبية، ومقاييس الثقة، وتنبؤات الديستوجرام الاختيارية لتحليل مفصل للهياكل المتنبأ بها. وهذا يجعله أداة قيمة للباحثين والمحترفين في مجال علوم البروتين.
للبدء باستخدام ESMFold2، يمكن للمستخدمين الرجوع إلى دليل البدء السريع والدروس المتاحة على منصة Biohub. تتضمن عملية التثبيت تثبيت حزمة esm Python، وإنشاء مفتاح API من حساب Biohub، والاتصال بواجهة برمجة تطبيقات منصة Biohub. بمجرد الإعداد، يمكن للمستخدمين تشغيل استنتاجاتهم واستكشاف حالات استخدام متنوعة، مثل طي البروتينات بالاشتراك مع الحمض النووي، والحمض النووي الريبي، والليغاندات الجزيئية الصغيرة، أو تصميم الأجسام المضادة والميني بايندرز بمعدلات نجاح عالية.
تم تدريب ESMFold2 على مجموعات بيانات واسعة، بما في ذلك تسلسلات من بنك بيانات البروتين (PDB) وقاعدة بيانات AlphaFold (AFDB). ومع ذلك، من المهم ملاحظة أن النموذج يتنبأ بتكوينات ثابتة فردية وليس مصممًا لنمذجة ديناميات البروتين أو المرونة التشكيلية. يجب التحقق من النتائج تجريبيًا، وليس من المقصود استخدامها في التطبيقات السريرية أو العلاجية دون مزيد من التحقق. بشكل عام، يمثل ESMFold2 تقدمًا كبيرًا في مجال تنبؤ هيكل البروتين، حيث يوفر للباحثين أدوات قوية لاستكشاف هياكل البروتين ووظائفها.
- الفئةالاكتشاف العلمي وأدوات المختبر
- نموذج التسعيرمجاني
- النشرسحابي
- المنصاتالويب
أبرز ملامح تنبؤ هيكل بروتين ESMFold2
تنبؤ بهياكل ثلاثية الأبعاد بدقة عالية
نماذج ذات تسلسل فردي ونماذج مشروطة على MSA
إخراج إحداثيات جميع الذرات
مقاييس الثقة مضمنة
تنبؤات الديستوجرام متاحة
وصول API للتكامل
وصول مفتوح للنموذج
تم التدريب على مجموعات بيانات PDB وAFDB
البدء مع تنبؤ هيكل بروتين ESMFold2
تثبيت حزمة esm Python: اتبع تعليمات التثبيت المقدمة في دليل البدء السريع.
إنشاء مفتاح API: قم بإنشاء مفتاح API من حسابك في Biohub لإدارة الوصول.
الاتصال بواجهة برمجة تطبيقات منصة Biohub: استخدم مفتاح API للمصادقة على طلباتك.
تشغيل استنتاجك: استدعِ عميل الاستنتاج مع النموذج المحدد ورمز API الخاص بك.
حالات استخدام تنبؤ هيكل بروتين ESMFold2
- طي البروتين
- تصميم الأجسام المضادة
- تحليل هيكلي
- توليد بروتينات وظيفية
- تطبيقات البحث
