Deskripsi
DeepTox adalah pipeline canggih yang dikembangkan untuk memprediksi efek toksik dari senyawa kimia menggunakan teknik pembelajaran mendalam. Ini dibuat oleh Institut Bioinformatika dan berpartisipasi dalam Tox21 Data Challenge, yang melibatkan 12.000 bahan kimia lingkungan dan obat yang diukur untuk 12 efek toksik yang berbeda. DeepTox memanfaatkan pembelajaran mendalam, sebuah metode yang telah mengubah bidang seperti pemrosesan gambar dan pengenalan suara, untuk meningkatkan prediksi toksisitas komputasional.
Baca Selengkapnya
Pipeline ini dimulai dengan menormalkan representasi kimia dari senyawa dan menghitung berbagai deskriptor kimia. Deskriptor ini berfungsi sebagai input untuk metode pembelajaran mesin. DeepTox kemudian melatih model, mengevaluasi mereka, dan menggabungkan model-model yang berkinerja terbaik menjadi ansambel untuk memprediksi toksisitas senyawa baru. Dalam Tox21 Data Challenge, DeepTox mencapai kinerja tertinggi di antara metode komputasional, memenangkan beberapa panel dan subtantangan.
DeepTox juga unggul dalam NIEHS-NCATS-UNC DREAM Toxicogenetics Challenge 2013, memprediksi rata-rata sitotoksisitas dari 50 senyawa. Pipeline ini menggabungkan berbagai metode pembelajaran mesin, termasuk mesin vektor dukungan, hutan acak, dan jaring elastis, bersama dengan fitur dan kernel seperti ECFP, DFS, dan deskriptor kuantum-mekanik.
DeepTox diimplementasikan di GPU NVIDIA, dan perangkat lunaknya tersedia di GitHub. Alat ini sangat berharga bagi peneliti dan ilmuwan di bidang toksikologi, menawarkan metode yang kuat untuk prediksi toksisitas yang mengungguli pendekatan tradisional.
- KategoriPenemuan Ilmiah & Alat Laboratorium
- Model HargaGratis
- PenerapanCloud
- PlatformGitHub
Fitur Inti DeepTox: Alat Prediksi Toksisitas
Pembelajaran mendalam untuk prediksi toksisitas
Normalisasi representasi kimia
Perhitungan deskriptor kimia
Pelatihan dan evaluasi model
Pembuatan model ansambel
Prediksi toksisitas senyawa baru
Penggunaan GPU NVIDIA
Ketersediaan di GitHub
Cara menggunakan DeepTox: Alat Prediksi Toksisitas?
Konfigurasi: Siapkan representasi kimia
Hitung: Hasilkan deskriptor kimia
Latih: Kembangkan model menggunakan pembelajaran mesin
Evaluasi: Nilai kinerja model
Prediksi: Tentukan toksisitas senyawa baru
Kasus Penggunaan DeepTox: Alat Prediksi Toksisitas
- Analisis toksisitas kimia
- Penilaian keselamatan lingkungan
- Pengembangan obat
- Peningkatan penelitian
- Pembelajaran multi-tugas
